O organograma funcional do Celap é composto pelo conselho fiscal, pela diretoria executiva e pelos departamentos, assim definidos:
- Conselho Fiscal
- Diretoria executiva: Presidente/ Vice-presidente/ Secretário/ Financeiro/ Administrativo
- Departamento Doutrinário
- Departamento de Promoção e Assistência Social
- Departamento de Assistência Espiritual
- Departamento de Divulgação